Desde o início da Missão, os Frades Franciscanos, vendo em muitos lugares a situação de pobreza, falta de instrução e de saúde, se empenharam na promoção humana. Foram construídas escolas em quase todas as paróquias atendidas pelos frades, e hospitais em Chapada dos Guimarães, Rosário Oeste e Caarapó; Seminários em Fátima de São Lourenço e em Rio Brilhante e, mais tarde, em Rondonópolis. Seguiram-se construções de belas e sempre mais amplas igrejas, com centros pastorais em quase todas as paróquias, levantados pelos competentes mestres Freis Walfrido Staehle e Hugo Lang. No campo da medicina alternativa, destacaram-se Freis Canuto Amann e Osvaldo Braun, grandes conhecedores da homeopatia.
A Missão Franciscana do Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, em sua Assembleia Custodial de julho de 2019, criou a Associação Franciscana de Solidariedade (AFRANSOL), responsável pelas obras sociais da Missão Franciscana.
Atualmente, são estas as obras sociais da Missão Franciscana: